塔里木大学现有10个学院（植物科学学院、动物科学学院、水利与建筑工程学院、机械电气化工程学院、生命科学学院、信息工程学院、人文学院、经济与管理学院、继续教育学院、高等职业技术学院），4个一级学科硕士点（作物学、园艺学、生物学、农业工程），涵盖19个二级硕士学位专业点，46个本科专业（农理科类专业15个，工科类专业17个，人文社科类专业14个），涉及8大学科门类，现有4个省级及以上重点实验室（塔里木盆地生物资源保护利用国家重点实验室培育基地、塔里木畜牧科技兵团重点实验室、南疆特色农产品深加工兵团重点实验室、自治区级现代农业工程重点实验室），建立了环塔里木经济发展研究中心、非传统安全与边疆民族发展研究院和西域文化研究院等科研机构。近五年，承担省部级及以上各类科研项目400多项，其中973前期预研项目、国家科技支撑计划项目、国家自然基金和社科基金项目120多项，取得各级科研成果100多项，发表学术论文近2300多篇，出版专著和教材100余部。