学校现设9个学院.
1.植物科学学院
2.动物科学学院

3.生命科学学院
4.水利建筑与工程学院

5.机械电气化工程学院
6.人文学院
7.信息工程学院
8.经济管理学院

9.历史与哲学学院
10.职业技术学院（继续教育学院）
 

         2个省级重点实验室.
1.新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室.
2.新疆生产建设兵团南疆牧业技术工程重点实验室

自治区级重点学科（2个）

微生物学、果树学

自治区级重点培育学科（1个）

作物栽培学与耕作学

兵团重点学科（4个）： 

生物化学与分子生物学、作物栽培学与耕作学、果树学、动物营养与饲料科学

另有校级重点（扶持）学科17个。

1.农学硕士学位

2.工学硕士学位

3.理学硕士学位

4.农业推广专业学位硕士