中日友好医院（中日友好临床医学研究所）现有1个全国重点实验室，3个北京市重点实验室，1个国家中医药管理局重点研究室，1个中西医结合临床重点学科，9个国家高水平中医重点学科建设项目。临研所自有科研用房面积5000平米，现有设备1329台。

医院现有研究生导师近200人，是内科、外科等20个专业的住院医师规范化培训基地，同时还是呼吸与危重症医学科等6个专科医师规范化培训基地。医院作为北京大学、北京中医药大学、首都医科大学的临床医学院，北京协和医学院、清华大学医学院的教学医院，累计培养本科生近8000人，研究生逾2500人，住院医3300人，进修生逾万人。与北京航空航天大学、北京化工大学等国内知名学术机构建立战略合作关系。

中日友好医院图书馆藏书约19万册，中外文期刊约1万种，医学检索系统数据26种。

医院现有122项临床队列研究资源，共涵盖38个学科类别；引进建立了115个品系遗传多样性重组近交系BXD小鼠种质资源库和公共数据库，是国内唯一获授权使用单位；医院于 2023年6月前瞻性地设立了“类器官与再生医学转化中心”，成功构建了超过 32000 例肿瘤类器官模型，直接服务于临床需求导向的药物敏感性测试，引领推动类器官技术的标准化与普及化。